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在生物科學(xué)領(lǐng)域中，蛋白質(zhì)是極其重要的一類分子，它們負(fù)責(zé)維持細(xì)胞的正常功能，參與到細(xì)胞的各種代謝過程中。其中，對(duì)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的研究是了解蛋白質(zhì)在生物學(xué)中作用的關(guān)鍵。蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)銀行（Protein Data Bank，簡(jiǎn)稱PDB）是全球共同建立和維護(hù)的一個(gè)重要蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)，旨在推進(jìn)生命科學(xué)的發(fā)展，提高生命科學(xué)研究質(zhì)量，為科學(xué)與工業(yè)界的成就提供服務(wù)。本文將介紹PDB數(shù)據(jù)庫(kù)的基本情況以及如何下載PDB數(shù)據(jù)庫(kù)中的數(shù)據(jù)。
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一、PDB數(shù)據(jù)庫(kù)簡(jiǎn)介
1.1 PDB數(shù)據(jù)庫(kù)背景
PDB數(shù)據(jù)庫(kù)是一個(gè)協(xié)作的國(guó)際數(shù)據(jù)存儲(chǔ)中心，由許多國(guó)際機(jī)構(gòu)共同維護(hù)。PDB數(shù)據(jù)庫(kù)的數(shù)據(jù)內(nèi)容是X射線衍射結(jié)構(gòu)、核磁共振（NMR）譜、電子顯微鏡（EM）成像和一些特殊結(jié)構(gòu)（如DNA、RNA結(jié)構(gòu)庫(kù)）等內(nèi)容。該數(shù)據(jù)庫(kù)的要求是其所收錄的所有結(jié)晶蛋白質(zhì)物的原子級(jí)結(jié)構(gòu)必須完全確定，同時(shí)還需要有相關(guān)文獻(xiàn)證明。這些文獻(xiàn)需要指出實(shí)驗(yàn)結(jié)果，并詳情說明數(shù)據(jù)的得到和處理過程。
1.2 PDB數(shù)據(jù)庫(kù)的使用
科學(xué)家們可以通過搜索引擎或者單獨(dú)訪問PDB數(shù)據(jù)庫(kù)的官方網(wǎng)站（https://www.rc.org/）來瀏覽并查詢數(shù)據(jù)庫(kù)中所存儲(chǔ)的結(jié)構(gòu)信息。PDB數(shù)據(jù)庫(kù)是一個(gè)公共數(shù)據(jù)庫(kù)，任何人都可以在上面免費(fèi)查看和下載任何結(jié)晶蛋白質(zhì)物的結(jié)構(gòu)文件。PDB數(shù)據(jù)庫(kù)的數(shù)據(jù)可用于科研及學(xué)術(shù)交流用途，也可用于大型生物制藥企業(yè)的代謝工程。
1.3 PDB數(shù)據(jù)庫(kù)的發(fā)展歷程
PDB數(shù)據(jù)庫(kù)最初的版本在1971年由G.R. Hendrickson及其他的科學(xué)家建立，其目的是存儲(chǔ)結(jié)晶蛋白質(zhì)物的結(jié)構(gòu)信息。到了1990年代，PDB數(shù)據(jù)庫(kù)的數(shù)據(jù)量急劇增長(zhǎng)，基礎(chǔ)設(shè)施的建設(shè)則滯緩不前，這導(dǎo)致了數(shù)據(jù)查詢和下載的困難。1998年，由當(dāng)時(shí)的三個(gè)主要貢獻(xiàn)者 RCSB、PDBE和PDBj共同建立了PDB統(tǒng)一入口，并聘請(qǐng)專業(yè)人員負(fù)責(zé)數(shù)據(jù)存儲(chǔ)和管理，科學(xué)家可以在任何一個(gè)合作方的網(wǎng)站問數(shù)據(jù)庫(kù)。透過透明的合作機(jī)制，PDB建立了一個(gè)500多個(gè)員工跨越72個(gè)國(guó)家的明確的國(guó)家差異聯(lián)盟。目前，PDB數(shù)據(jù)庫(kù)的版本號(hào)已經(jīng)到了2023年10月27日的v.3.48.0。
二、PDB數(shù)據(jù)庫(kù)中的數(shù)據(jù)類型
PDB數(shù)據(jù)庫(kù)中包含了不同類型的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)信息，每一種數(shù)據(jù)類型都有其特定的樣本結(jié)構(gòu)描述方式。
2.1 晶體學(xué)數(shù)據(jù)
晶體學(xué)數(shù)據(jù)最為常見，其中包括很多精細(xì)的描述信息和三維坐標(biāo)的點(diǎn)陣數(shù)據(jù)和位于凝聚態(tài)的原子級(jí)。
2.2 核磁數(shù)據(jù)
核磁信號(hào)被用來解決固定條件下，高分子大分子結(jié)構(gòu)的問題。該數(shù)據(jù)也可以采用PDBx/mmCIF格式。
2.3 基因數(shù)據(jù)
針對(duì)大規(guī)模數(shù)據(jù)的重要來源，基因數(shù)據(jù)包含了構(gòu)建結(jié)晶蛋白質(zhì)物的DNA和RNA信息，這些數(shù)據(jù)是由生物學(xué)家來描述的
2.4 電子顯微鏡數(shù)據(jù)（EM）
電子顯微鏡數(shù)據(jù)（EM）方法，攝取三維分辨率的大分子影像。傳統(tǒng)的光學(xué)顯微鏡方法在分辨率上受到臨界孔徑線寬的限制，因而無法用于觀察高分子大分子結(jié)構(gòu)。而電子顯微鏡利用電子束代替可見光，從而擺脫了上述限制，可以對(duì)高分子大分子的結(jié)構(gòu)進(jìn)行觀察和分析。
2.5 表示簡(jiǎn)單序列的數(shù)據(jù)
PDB數(shù)據(jù)庫(kù)還可用于含有未簡(jiǎn)化氨基酸序列，所以也有過表現(xiàn)文章的數(shù)據(jù)。
三、如何下載PDB數(shù)據(jù)
3.1 登錄PDB數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)站
打開PDB數(shù)據(jù)庫(kù)的官方網(wǎng)站：https://www.rc.org/
3.2 搜索并下載PDB數(shù)據(jù)
在網(wǎng)站首頁(yè)中，選擇搜索框，輸入你要查詢的蛋白質(zhì)名稱或PDB編號(hào)，單擊“Search”。用戶將獲得的結(jié)果展示在自己的屏幕上。接下來，可以直接點(diǎn)擊每個(gè)蛋白質(zhì)或者結(jié)構(gòu)名稱，并在其詳細(xì)頁(yè)面中查看所有描述信息。在頁(yè)面底部板塊上，會(huì)看到“Download files”（下載文件）按鈕，請(qǐng)點(diǎn)擊此按鈕。接著，選擇您要下載的格式（PDB或PDBx/mmCIF等）并單擊“Download”. PDB文件可以用于衍射結(jié)構(gòu)，而PDBx/mmCIF結(jié)構(gòu)可以用于配合星 etc. 的結(jié)構(gòu)研究。
四、PDB數(shù)據(jù)庫(kù)各功能介紹
4.1 3D molecular view
3D molecular view功能展示了蛋白質(zhì)的構(gòu)象及其手性，提供了快速下載原始結(jié)構(gòu)文件的互動(dòng)工具，可幫助用戶進(jìn)一步對(duì)PDB數(shù)據(jù)的理解，便于更深入的研究。
4.2 Sequence data and homology modeling
該服務(wù)從PDB數(shù)據(jù)中提取出蛋白質(zhì)序列以及啟示式，可以配給、比較、歸類、構(gòu)建模型等基礎(chǔ)功能。
4.3 Ligand Explorer
該服務(wù)涵蓋了當(dāng)前PDB數(shù)據(jù)庫(kù)中所有的小分子數(shù)據(jù)及與之相關(guān)的所有信息。此外還提供了相應(yīng)藥物的詳細(xì)屬性信息。
4.4 ChemCompSearch
ChemCompSearch支持在PDB數(shù)據(jù)庫(kù)中搜索和選擇特定化合物，以便了解其空間構(gòu)象和影響。
綜上所述，PDB數(shù)據(jù)庫(kù)是一個(gè)重要的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)，許多科學(xué)家都會(huì)在科研及學(xué)術(shù)交流中應(yīng)用PDB數(shù)據(jù)庫(kù)的數(shù)據(jù)。對(duì)于科研工作者來說，在尋找特定蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)信息時(shí)，首先要清楚了解PDB數(shù)據(jù)庫(kù)，并熟悉如何下載其中的數(shù)據(jù)。在后續(xù)的科研工作中，PDB數(shù)據(jù)庫(kù)的各項(xiàng)功能還可以用來輔助完成更加深入有益的研究工作。
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PHP如何在數(shù)據(jù)庫(kù)中下載文件
數(shù)據(jù)庫(kù)可以存字節(jié)數(shù)據(jù)的啊，自己寫到數(shù)據(jù)庫(kù)即可，讀出來后再形成文件即可
$id = $_REQUEST ;
if (! isset ( $id ) or $id == “”)
die ( “error:id none” );
//定位記錄,讀出
$conn = mysql_connect ( “l(fā)ocalhost”, “root”, “root” );
if (! $conn)
die ( “error:mysql connect failed” );
mysql_select_db ( “戚哪迅test”, $conn );
$sql = “select * from receive where id=$id”;
$result = mysql_query ( $sql );
if (! $result)
die ( “error:mysql query” );
$num = mysql_num_rows ( $result );
if ($num
die ( “error:no this recorder” );
$data = mysql_result ( $result, 0, “file_data”緩鍵 );
$type = mysql_result ( $result, 0, “file_type” );
$fileName = mysql_result ( $result, 0, “file_name” );
mysql_close ( $conn );
$filePath = ‘download/’ . $userid . “/” . $fileName;
$file = fopen ( RelativePath . $filePath, “wb” );
if (fwrite ( $file, $data ) === FALSE) {
echo “can not write in ” . $file;
exit ();
}
fclose ( $file );
請(qǐng)問PDB數(shù)據(jù)庫(kù)文件如何打開？
1、打開vs2023,在菜單欄上找到“工具”—》“選項(xiàng)睜伏耐”。
2、打開選項(xiàng)設(shè)置界面，如下圖所示。
3、在左邊的列表框里找到調(diào)試的功能選項(xiàng)。
4、在調(diào)試的選項(xiàng)里，展開后，可以看到調(diào)試符號(hào)的子選項(xiàng)。
5、在右邊可以看悉春到“符號(hào)文件（.pdb)的位置”的字樣，給“MicroSoft符號(hào)服務(wù)廳陵器”打勾，如下圖所示，點(diǎn)擊確定保存退出。
6、在主界面可以看到正在從microsoft服務(wù)器下載.pdb符號(hào)文件,vs也正在加載這些符號(hào)文件。
PDB是Palm DataBase的縮寫,Palm OS所用文件的擴(kuò)展名為.pdb。可以使用PalmReader打開。 如果想把PDB文件轉(zhuǎn)換成TXT文件搏棗芹查看，可以使用WavePDB轉(zhuǎn)。
程序數(shù)據(jù)庫(kù) (PDB) 文件保存著調(diào)試和項(xiàng)目狀態(tài)信息，使用這些信息可以對(duì)程序的調(diào)試基畢配置進(jìn)行增量鏈接。常見的VC80.PDB（更籠統(tǒng)地說就是 VCx0.PDB，其中 x 表示 Visual C++ 的版巖含本。） 該文件存儲(chǔ)各個(gè) OBJ 文件的所有調(diào)試信息并與項(xiàng)目生成文件駐留在同一個(gè)目錄中。
不是數(shù)據(jù)庫(kù)文件吧，用PalmReader打開
試試office的powerpoint，記不清了。
關(guān)于pdb數(shù)據(jù)庫(kù)中下載數(shù)據(jù)的介紹到此就結(jié)束了，不知道你從中找到你需要的信息了嗎 ？如果你還想了解更多這方面的信息，記得收藏關(guān)注本站。
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當(dāng)前名稱：PDB數(shù)據(jù)庫(kù)簡(jiǎn)介及下載數(shù)據(jù)方法解析(pdb數(shù)據(jù)庫(kù)中下載數(shù)據(jù))
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