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PDB數(shù)據(jù)庫是指蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)銀行（Protein Data Bank），它是一個全球重要的一級數(shù)據(jù)庫。該數(shù)據(jù)庫建立于1971年，旨在存儲、管理和共享全球范圍內(nèi)的蛋白質(zhì)結(jié)構信息。憑借著其卓越的數(shù)據(jù)質(zhì)量和嚴謹?shù)墓芾眢w系，該數(shù)據(jù)庫已成為眾多蛋白質(zhì)科學家和研究者不可或缺的資源。
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PDB數(shù)據(jù)庫的起源
PDB數(shù)據(jù)庫的起源可以追溯到20世紀70年代，當時用于蛋白質(zhì)結(jié)構研究的技術正在快速發(fā)展。作為蛋白質(zhì)結(jié)構研究數(shù)據(jù)的存儲和共享平臺，PDB數(shù)據(jù)庫應運而生。然而，在過去的幾十年中，該數(shù)據(jù)庫已經(jīng)經(jīng)歷了多次變革和升級，以適應新的技術和研究需求。如今，PDB數(shù)據(jù)庫已經(jīng)成為全球性的蛋白質(zhì)結(jié)構研究平臺。該數(shù)據(jù)庫中存儲了來自全球各地的高質(zhì)量蛋白質(zhì)結(jié)構數(shù)據(jù)，為蛋白質(zhì)科學家提供了一個非常有用的資源。
PDB數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)質(zhì)量
對于任何一級數(shù)據(jù)庫來說，最重要的就是數(shù)據(jù)質(zhì)量。PDB數(shù)據(jù)庫因其高質(zhì)量的蛋白質(zhì)結(jié)構數(shù)據(jù)而聞名。該數(shù)據(jù)庫通過采用嚴格的審核流程和完善的質(zhì)量控制體系，來確保在數(shù)據(jù)庫中存儲的數(shù)據(jù)的質(zhì)量和準確性。此外，PDB數(shù)據(jù)庫還采用了與眾多國際合作伙伴一起開發(fā)的高級技術，如晶體學、核磁共振等，來生成高精度的結(jié)構數(shù)據(jù)。
PDB數(shù)據(jù)庫的研究價值
PDB數(shù)據(jù)庫中存儲的蛋白質(zhì)結(jié)構數(shù)據(jù)已經(jīng)成為蛋白質(zhì)科學中最重要的資源之一。這些數(shù)據(jù)可以被用于各種不同的實驗和研究，如藥物設計、蛋白質(zhì)工程、疾病治療等。此外，這些數(shù)據(jù)還可以被用于教育、宣傳和推廣，并促進更多人了解蛋白質(zhì)科學和相關領域的物理學和化學學科。
PDB數(shù)據(jù)庫的未來發(fā)展
隨著科學技術的不斷進步和創(chuàng)新，PDB數(shù)據(jù)庫也在不斷升級和完善。該數(shù)據(jù)庫未來將會朝著更加開放和發(fā)展的方向前進。PDB數(shù)據(jù)庫的開放性意味著它將會增加更多的數(shù)據(jù)、模型和工具，以滿足更多需求。此外，該數(shù)據(jù)庫還將會推動更多的可視化和交互式功能的開發(fā)，以幫助研究人員更好地理解和使用其中存儲的數(shù)據(jù)。
PDB數(shù)據(jù)庫是一個全球重要的一級數(shù)據(jù)庫。該數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)質(zhì)量、研究價值和發(fā)展?jié)摿κ蛊涑蔀榈鞍踪|(zhì)科學家們不可或缺的資源。因此，我們相信，PDB數(shù)據(jù)庫在未來將會成為更加開放和完善的平臺，為世界各國的蛋白質(zhì)科學家繼續(xù)提供有價值的資源。
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PDB是目前最主要的收集生物大分子(蛋白質(zhì)、核酸和糖)2.5維（以二維的形式表示三維的數(shù)據(jù)）結(jié)構的數(shù)據(jù)庫,是通過X射線單晶衍射、核磁共振、電子衍射等實驗手段確定的蛋白質(zhì)、多糖、核酸、病毒等生物大分子的三維結(jié)構數(shù)據(jù)庫。隨著晶體衍射技術的不斷改進,結(jié)構測定的速度和精度也逐步提高。90年代以來,隨著多維核磁共振溶液構象測定方法的成熟,使那些難以結(jié)晶的蛋白質(zhì)分子的結(jié)構測定成為可能。蛋白質(zhì)分子結(jié)構數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)量迅速上升。據(jù)2023年5月統(tǒng)計，PDB數(shù)據(jù)庫中已經(jīng)存放了1萬2千多套原子坐標,其中大部分為蛋白質(zhì)，包括多肽和病毒。此外,還有核酸、蛋白和核酸復合物以及少量多糖分子瞎虛。核酸三維結(jié)構測定進展迅速。PDB數(shù)據(jù)庫中已經(jīng)收集了800多套核酸結(jié)構數(shù)據(jù)。
PDB數(shù)據(jù)庫允許用戶用各種方式以及布爾邏輯組合(AND、OR和NOT)進行檢索，可檢索的字段包括功能類別、PDB代碼、名稱、作者、空間群、分辨率、來源、入庫時間、磨則燃分子式、參考文獻、生物來源等項。用戶不僅可以得到生物大分子的各種注釋、坐標、三維圖形、VAML等,并能從一系列指盯衡針連接到與PDB有關的數(shù)據(jù)庫，包括SCOP、CATH、Medline、ENZYME、SWISS-3DIMAGE等?？赏ㄟ^FTP下載PDB數(shù)據(jù)。所有的PDB文件均有壓縮和非壓縮版以適應用戶傳輸需要。PDB的電子公告版BBS和電子郵件興趣小組(Mailing List)為用戶提供了交流經(jīng)驗和發(fā)布新聞的空間。在PDB的服務器上還提供與結(jié)構生物學相關的多種免費軟件如Raol、Mage、PDBBrowser、3DB Brower等。
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