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打開Windows，首先看到的是桌面；不愛整理文件的我，桌面的東西已經(jīng)多到需要2個屏幕才能顯示的完。另外一個常用的就是我的電腦，然后打開D盤，依次點開對應(yīng)的文件夾，然后點開文件。
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Linux的文件系統(tǒng)組織方式與Windows略有不同，登錄進(jìn)去就是家目錄，可視為Windows下的桌面。在這個目錄下，我們可以新建文件、新建文件夾，就像在桌面上的操作一樣。 注： 這里我們假設(shè)所有用到的文件和文件夾都放置于家目錄下 Linux的家目錄嚴(yán)格來說可能類似于Windows下的C:\Users\ct 如果想查看當(dāng)前目錄下都有什么內(nèi)容，輸入命令 ls，回車即可 (ls可以理解為單詞list的縮寫)。當(dāng)前目錄下什么也沒有，所以沒有任何輸出。
ct@ehbio:~$ ls
如果錯把l看成了i，輸入了is，則會出現(xiàn)下面的提示未找到命令。如果輸入的是Linux基本命令，出現(xiàn)這個提示，基本可以判定是命令輸入錯了，瞪大眼睛仔細(xì)看就是了。 在敲完命令回車后，注意查看終端的輸出，以判斷是否有問題。
ct@ehbio:~$ is
-bash: is: 未找到命令
# 大小寫敏感
ct@ehbio:~$ lS
-bash: lS: 未找到命令
當(dāng)前目錄下只有一個文件，看不出效果，我們可以新建幾個文件和文件夾，來查看下。 mkdir是新建一個目錄 (make a directory)；data是目錄的名字。 如果目錄存在，則會出現(xiàn)提示，”無法創(chuàng)建已存在的目錄”。這時可以使用參數(shù)-p忽略這個錯誤。
ct@ehbio:~$ mkdir data
ct@ehbio:~$ mkdir ls
data
ct@ehbio:~$ mkdir data
mkdir: 無法創(chuàng)建目錄"data" : 文件已存在
ct@ehbio:~$ mkdir -p data
cat是一個命令，主要用來查看文件；在這與 bc > END a bc >是一個重定向符號，即把前面命令的輸出寫入到>后面的文件中。如下所示，新建了一個Fasta格式的文件。 ls -l列出文件的詳細(xì)信息；-l表示命令行參數(shù)，是程序預(yù)留的一些選項，保證在不更改程序的情況下獲得更靈活的操作?？墒褂?code>man ls查看ls所有的命令行參數(shù), 上下箭頭翻頁，按q退出查看。(man: manual, 手冊)
```bash
ct@ehbio:~$ cat >SOX2
> ACGTCGGCGGAGGGTGGSCGGGGGGGGAGAGGT
> ACGATGAGGAGTAGGAGAGAGGAGG
> >OCT4
> ACGTAGGATGGAGGAGAGGGAGGGGGGAGGAGAGGAA
> AGAGTAGAGAGA
> >NANOG
> ACGATGCGATGCAGCGTTTTTTTTTGGTTGGATCT
> CAGGTAGGAGCGAGGAGGCAGCGGCGGATGCAGGCA
> ACGGTAGCGAGTC
> >mYC HAHA
> ACGGAGCGAGCTAGTGCAGCGAGGAGCTGAGTCGAGC
> CAGGACAGGAGCTA
> end
> END
## 注意命令和參數(shù)之間的空格
ct@ehbio:~/data$ ls-l
-bash: ls-l: 未找到命令
ct@ehbio:~$ ls -l
總用量 4
## d: dir; 表示data是個目錄
## rwx：表示目錄的權(quán)限，暫時忽略，或自己在線搜索
drwxrwxr-x 2 ct ct 4096 6月 8 14:52 data
ct@ehbio:~$ ls -l data
總用量 4
## 開頭的`-`表示test.fa是個文件
-rw-rw-r-- 1 ct ct 284 6月 8 14:48 test.fa
查看寫入的文件的內(nèi)容，cat 文件名；需要注意的是文件所在的目錄，默認(rèn)是當(dāng)前目錄；如下面第一個命令，會提示cat: test.fa: 沒有那個文件或目錄，是因為當(dāng)前目錄下不存在文件test.fa。(注意文件末尾的end)
ct@ehbio:~$ cat test.fa
cat: test.fa: 沒有那個文件或目錄
ct@ehbio:~$ cat data/test.fa
>SOX2
ACGTCGGCGGAGGGTGGSCGGGGGGGGAGAGGT
ACGATGAGGAGTAGGAGAGAGGAGG
>OCT4
ACGTAGGATGGAGGAGAGGGAGGGGGGAGGAGAGGAA
AGAGTAGAGAGA
>NANOG
ACGATGCGATGCAGCGTTTTTTTTTGGTTGGATCT
CAGGTAGGAGCGAGGAGGCAGCGGCGGATGCAGGCA
ACGGTAGCGAGTC
>mYC HAHA
ACGGAGCGAGCTAGTGCAGCGAGGAGCTGAGTCGAGC
CAGGACAGGAGCTA
end
test.fa在目錄data下，可以先進(jìn)入data目錄，然后再查看文件。類比于Windows下先點開一個文件夾，再點開下面的文件。
cd (change dir)切換目錄。
head查看文件最開始的幾行，默認(rèn)為10行，可使用-n 6指定查看前6行。
ct@ehbio:~$ cd data
ct@ehbio:~/data$ head -n 6 test.fa
>SOX2
ACGTCGGCGGAGGGTGGSCGGGGGGGGAGAGGT
ACGATGAGGAGTAGGAGAGAGGAGG
>OCT4
ACGTAGGATGGAGGAGAGGGAGGGGGGAGGAGAGGAA
AGAGTAGAGAGA
另外less和more也可以用來查看文件，尤其是文件內(nèi)容特別多的時候。
ct@ehbio:~/data$ less test.fa
# q: 退出
# 上下箭頭、空格翻頁
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