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這期內(nèi)容當(dāng)中小編將會給大家?guī)碛嘘P(guān)如何使用R語言利用SSR數(shù)據(jù)構(gòu)建進(jìn)化樹，文章內(nèi)容豐富且以專業(yè)的角度為大家分析和敘述，閱讀完這篇文章希望大家可以有所收獲。
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今天有一位讀者留言問有了SSR的數(shù)據(jù)，如何畫樹狀圖？
SSR的數(shù)據(jù)我也是第一次接觸，我看了一下他發(fā)給我的數(shù)據(jù)，是csv格式，每行是一個(gè)樣本，每列是一個(gè)位點(diǎn)。位點(diǎn)的取值是0，和1。這種格式好像叫做二進(jìn)制的格式。就是下面這種
第一列是樣本名稱，后面每一列是一個(gè)位點(diǎn)。
我搜索了一下相關(guān)教程，找到了一個(gè)。需要借助ape這個(gè)包，如果是第一次使用的話需要先安裝
install.packages("ape")
后面進(jìn)化樹可視化還需要用到ggtree，如果是第一次使用也要安裝
BiocManager::install("ggtree")
BiocManager第一次使用也得先安裝
install.packages("BiocManager")
找到的教程的鏈接是 https://www.biostars.org/p/100432/
df<-read.csv("SSR_example.csv",header=T,row.names = 1)
ssr<-as.matrix(df)
library(ape)
tree<-nj(dist.gene(ssr))
library(ggtree)
ggtree(tree)+
geom_tiplab()+
xlim(0,6.5)
ggtree(tree,layout="circular")+
geom_tiplab2(size=3)
ggtree(tree,layout="circular",branch.length = "none")+
geom_tiplab2(size=3)
遇到的問題
這位讀者的數(shù)據(jù)過多，最后畫樹狀圖如果帶上樣本名字的效果如下
這個(gè)圖應(yīng)該如何美化我還真沒有思路。大家如果做過這種圖歡迎留言討論 如何美化會好看一點(diǎn)
我記得好像MEGA也可以利用這種二進(jìn)制數(shù)據(jù)構(gòu)建進(jìn)化樹了，但是一時(shí)想不起來如何做了。
上述就是小編為大家分享的如何使用R語言利用SSR數(shù)據(jù)構(gòu)建進(jìn)化樹了，如果剛好有類似的疑惑，不妨參照上述分析進(jìn)行理解。如果想知道更多相關(guān)知識，歡迎關(guān)注創(chuàng)新互聯(lián)行業(yè)資訊頻道。
當(dāng)前名稱：如何使用R語言利用SSR數(shù)據(jù)構(gòu)建進(jìn)化樹
本文URL：http://fisionsoft.com.cn/article/gejpij.html
