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數(shù)據(jù)集的部分截圖，總共是81行，52列，行是物種，列是地點，數(shù)值代表物種豐度
數(shù)據(jù)集下載鏈接 http://userweb.eng.gla.ac.uk/umer.ijaz/bioinformatics/ecological/SPE_pitlatrine.csv
abund_table<-read.csv("pitlatrines/SPE_pitlatrine.csv",row.names=1,check.names=FALSE)
這里的參數(shù)
row.names=1指定第一列作為數(shù)據(jù)集的行名check.names參數(shù)我平時很少用，，查了一下幫助文檔，作用是檢查每列的名字是否符合規(guī)范
比如如下數(shù)據(jù)集
分別設(shè)置 check.names參數(shù)為T和F大家可以看下效果
abund_table<-t(abund_table)
# Convert to relative frequencies
abund_table <- abund_table/rowSums(abund_table)
library(reshape2)
df<-melt(abund_table)
head(df)
colnames(df)<-c("Samples","Species","Value")
library(plyr)
library(scales)
# We are going to apply transformation to our data to make it
# easier on eyes
#df<-ddply(df,.(Samples),transform,rescale=scale(Value))
df<-ddply(df,.(Samples),transform,rescale=sqrt(Value))
library(ggplot2)
p <- ggplot(df, aes(Species, Samples)) +
geom_tile(aes(fill = rescale),colour = "white") +
scale_fill_gradient(low = "white",high = "steelblue")+
scale_x_discrete(expand = c(0, 0)) +
scale_y_discrete(expand = c(0, 0)) + theme(legend.position = "none",axis.ticks = element_blank(),axis.text.x = element_text(angle = 90, hjust = 1,size=5),axis.text.y = element_text(size=5))
p
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本文來源：http://fisionsoft.com.cn/article/ijiheh.html
